Così fu progettata la costruzione della chiesa attribuita in un primo tempo a Leonardo da Vinci ed a Bramante. Incredibile, quindi, fu la sorpresa quando solo nel 1982 fu trovato e pubblicato un contratto del 17 marzo 1508, che testimonia che il vero progettista architetto fu Giovanni Antonio Amedeo . Così si trova  S.Maria alla Fontana citata nel Cesarino del Cinquecento , come una delle strutture sanitarie milanesi dopo Ca' Granda e  Lazzaretto.
Da una fonte posta al di sotto dei santuario sgorgava nei tempi antichi una acqua sotterranea considerata taumaturgica, a tal punto da essere in grado di curare disturbi dell'apparato osteo-articolare come artrosi e artriti.